En 1947 se aprobó en el Congreso de los Estados Unidos la Ley 447 que facultaba al pueblo de Puerto Rico a elegir su propio gobernador. En las elecciones generales de 1948 se eligió a Luis Muñoz Marín como el primer gobernador puertorriqueño elegido por el voto del pueblo de Puerto Rico, y el 2 de enero de 1949 toma posesión oficialmente del cargo. Durante este período gubernatorial de una duración de 16 años (1949-1964), se impulsó un desarrolló en el área industrial, económica, social y política del país. Se establecen para Muñoz tres grandes proyectos los cuales desarrolla durante este período: la Operación Manos a la Obra, la Operación Estado Libre Asociado y la Operación Serenidad.

Fue durante este período que se estrecharon las relaciones entre varios países de América Latina y Puerto Rico. El Gobernador Muñoz Marín cultivó una gran amistad con varios líderes democráticos latinoamericanos como el presidente de Costa Rica, José A. Figueres; el presidente de Colombia, Alberto Lleras Camargo; los presidentes de Venezuela, Rómulo Gallegos y Rómulo Betancourt; el presidente de la República Dominicana, Juan Bosch, entre otros. Fue Muñoz un verdadero conocedor de la situación de América Latina; y por esta razón, varios presidentes de los Estados Unidos le pedían asesoramiento sobre lo que debe de ser la política de los Estados Unidos en América Latina.

Muñoz fue reelegido por amplio margen en 1956. En 1960, sin embargo, se añadió un nuevo elemento a la política puertorriqueña. Los obispos católicos, al objetar la posición del Partido Popular sobre el control de la natalidad y contra la enseñanza religiosa en las escuelas públicas, declararon en una carta pastoral que era un pecado votar a favor de Muñoz Marín. Muñoz, al insistir que no hacía campaña en contra de la Iglesia sino en contra de las acciones de los obispos, resultó abrumadoramente reelegido con más del 58% de los votos.